Παραμετρική ηλεκτροφόρηση στατικού πεδίου τμημάτων DNA σε πήκτωμα αγαρόζης μεταβλητής συγκέντρωσης και εξατομικευμένα κριτήρια καταλληλότητας

dc.contributor.author	Ζαχαρίου, Αγγελική	el
dc.contributor.author	Πανδής, Σπυρίδων	el
dc.contributor.author	Βελεγράκη, Αριστέα	el
dc.contributor.author	Καμπούρης, Μανούσος Ε.	el
dc.date.accessioned	2015-01-27T22:01:45Z
dc.date.available	2015-01-27T22:01:45Z
dc.date.issued	2015-01-28
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11400/4894
dc.rights	Αναφορά Δημιουργού-Μη Εμπορική Χρήση-Όχι Παράγωγα Έργα 3.0 Ηνωμένες Πολιτείες	*
dc.rights.uri	http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/us/	*
dc.source	http://e-jst.teiath.gr/	en
dc.subject	Ηλεκτροφόρηση πηκτώματος αγαρόζης
dc.subject	Διακριτική ισχύς
dc.subject	Πρότυπη καμπύλη
dc.subject	Κινητικότητα ζωνών DNA
dc.subject	Agarose gel electrophoresis
dc.subject	Standard curve
dc.subject	DNA mobility
dc.subject	Discriminatory power
dc.title	Παραμετρική ηλεκτροφόρηση στατικού πεδίου τμημάτων DNA σε πήκτωμα αγαρόζης μεταβλητής συγκέντρωσης και εξατομικευμένα κριτήρια καταλληλότητας	el
dc.title	Variable concentration of agarose gels and distinct applicability criteria	en
heal.type	journalArticle
heal.classification	Science
heal.classification	Biology
heal.classification	Επιστήμες
heal.classification	Βιολογία
heal.classificationURI	http://zbw.eu/stw/descriptor/15685-2
heal.classificationURI	http://zbw.eu/stw/descriptor/15633-0
heal.classificationURI	N/A-Επιστήμες
heal.classificationURI	N/A-Βιολογία
heal.language	el
heal.access	free
heal.publicationDate	2009
heal.bibliographicCitation	Ζαχαρίου, Α., Πανδής, Σ., Βελεγράκη, Α. και Καμπούρης, Μ.Ε. (2009). Παραμετρική ηλεκτροφόρηση στατικού πεδίου τμημάτων DNA σε πήκτωμα αγαρόζης μεταβλητής συγκέντρωσης και εξατομικευμένα κριτήρια καταλληλότητας. "e-Περιοδικό Επιστήμης & Τεχνολογίας". [Online] 4(2): 13-24. Διαθέσιμο από: http://e-jst.teiath.gr/	el
heal.abstract	Σκοπός του πειράματος ήταν να μελετηθεί η Διακριτική Ικανότητα και λοιπές λειτουργικές παράμετροι πηκτωμάτων αγαρόζης τυπικών ηλεκτροφορητικών εφαρμογών διαφόρων συγκεντρώσεων με βάση εργαστηριακά ευρήματα και αποτελέσματα και να γίνει μια τεκμηριωμένη κατηγοριοποίηση αυτών ανάλογα με την ικανότητά τους να διαχωρίζουν θραύσματα DNA διαφόρων μεγεθών με αναλυτική επάρκεια. Στο πείραμα χρησιμοποιήθηκαν πηκτώματα αγαρόζης σε ΤΒΕ συγκέντρωσης 0,5%, 0,8%, 1,2%, 1,6%, 2%, 2,5%, 3% και 3,5% και σε αυτά ηλεκτροφορήθηκαν δείγματα DNA από PCR μυκητολογικών εφαρμογών τυχαίας διαλογής και πρότυπος ενδείκτης μοριακών μεγεθών κλιμακούμενου βήματος 100 ζευγών βάσεων. Η κάθε ηλεκτροφόρηση ήταν κανονικοποιημένη με βάση την άφιξη της ταχείας χρωστικής του διαλύματος φόρτωσης στο άκρο του πηκτώματος. Τα πηκτώματα φωτογραφήθηκαν και, χρησιμοποιώντας τυπικά λογισμικά εργαλεία ευρείας χρήσης σε ηλεκτρονικούς υπολογιστές (Microsoft Excel, Microsoft Word) καταρτίστηκαν πρότυπες καμπύλες κινητικότητας-μεγέθους ζωνών ανά πήκτωμα και προέκυψαν διαγράμματα μεταβολής ηλεκτροφορητικών ιδιοτήτων σε συνάρτηση με τη συγκέντρωση. Ειδικότερα εξετάστηκε το κατά πόσο υπήρξε ισοταχής μετανάστευση κάποιων ζωνών του ενδείκτη με κάποια από τις χρωστικές του διαλύματος φόρτωσης καθώς και η Διακριτική Ικανότητα και το Εύρος Ένδειξης κάθε πηκτώματος, αλλά και άλλων συναρτημένων μεγεθών και παραμέτρων που ορίστηκαν. Βάσει των συμπερασμάτων προτείνεται η χρήση διαφορετικής συγκέντρωσης πηκτωμάτων ανάλογα με την εφαρμογή και το αναμενόμενο, προβλεπόμενο ή γνωστό μέγεθος τμημάτων που θα ηλεκτροφορηθούν.	el
heal.abstract	The purpose of this experiment was to study the discriminatory capacity and other functional parameters of varying agarose gel concentrations, and to create a documented classification according to concentration and ability to separate DNA fragments of various sizes with analytical efficiency. The experiment utilized agarose-TBE gels at concentrations of 0.5%, 0.8%, 1.2%, 1.6%, 2%, 2.5%, 3% and 3.5%. Electrophoresis was performed using randomly selected amplicons from fungal PCR reactions and a molecular marker (100-bp DNA ladder). Each electrophoresis was normalized to the migrating first loading buffer dye, bromophenol blue, reaching the bottom of the gel. The gels were photographed and widely available computer software tools (Microsoft Excel, Microsoft Word) were utilized to compile mobility - band size standard curves for each gel and resulted in charts indicating the alteration of electrophoretic properties in correlation with concentration. Specifically, the co-migration of DNA ladder bands and the loading buffer dyes was examined, and the Discriminatory Power, the Resolution Spectrum, and other correlated measurements and parameters were defined, calculated for each gel, and plotted for the whole gel range. Based on the results, we suggest the use of varying gel concentrations, according to the application sought and the prospective, expected or known fragment size to undergo electrophoresis.	en
heal.publisher	Νερατζής, Ηλίας	el
heal.publisher	Σιανούδης, Ιωάννης	el
heal.journalName	e-Journal of Science & Technology	en
heal.journalName	e-Περιοδικό Επιστήμης & Τεχνολογίας	el
heal.journalType	peer-reviewed
heal.fullTextAvailability	true