Staged oligonucleotide design, compilation and quality control
procedures for multiple SNP genotyping by Multiplex PCR and
Single Base Extension Microarray format

dc.contributor.author	Καμπούρης, Μανούσος Ε.	el
dc.date.accessioned	2015-01-29T07:10:48Z
dc.date.available	2015-01-29T07:10:48Z
dc.date.issued	2015-01-29
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11400/4997
dc.rights	Αναφορά Δημιουργού-Μη Εμπορική Χρήση-Όχι Παράγωγα Έργα 3.0 Ηνωμένες Πολιτείες	*
dc.rights.uri	http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/us/	*
dc.source	http://e-jst.teiath.gr/	en
dc.subject	Human genomic loci
dc.subject	Γονιδιακοί τόποι ανθρώπου
dc.subject	Oligonucleotide design
dc.subject	Multiplex PCR
dc.subject	Single Base Extension
dc.subject	DNA microarray
dc.subject	QC assaying
dc.subject	Σχεδιασμός ολιγονουκλεοτιδίου
dc.subject	Ενιαία βάση επέκτασης
dc.subject	Μικροσυστοιχίες DNA
dc.title	Staged oligonucleotide design, compilation and quality control procedures for multiple SNP genotyping by Multiplex PCR and Single Base Extension Microarray format	en
heal.type	journalArticle
heal.classification	Science
heal.classification	Biology
heal.classification	Επιστήμες
heal.classification	Βιολογία
heal.classificationURI	http://zbw.eu/stw/descriptor/15685-2
heal.classificationURI	http://zbw.eu/stw/descriptor/15633-0
heal.classificationURI	N/A-Επιστήμες
heal.classificationURI	N/A-Βιολογία
heal.language	en
heal.access	free
heal.publicationDate	2009
heal.bibliographicCitation	Kambouris, M.E. (2009). Staged oligonucleotide design, compilation and quality control procedures for multiple SNP genotyping by Multiplex PCR and Single Base Extension Microarray format. "e-Journal of Science & Technology". [Online] 4(4): 21-40. Available from: http://e-jst.teiath.gr/	en
heal.abstract	The value of the SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) as markers in various studies depends on their absolute numbers, but also on the more complicated issue of their availability. For any given study there must be enough SNPs suitably placed and satisfying specific generic qualitative criteria. The feasibility of a study depends on the ability to replace and keep the number of marker loci reasonably stable at each phase of the selected experimental procedures during the development of the overall methodology. We embarked on an experimental simulation, where we specified a series of criteria for the number and qualities of SNPs needed for a hypothetical study and proceeded to SNP selection and computerized primer design for each SNP locus. The decisive factor was the applicability of the primers in multiplex PCR format. The editing steps and software upgrades of the adopted selection procedure resulted in 98.6% primer efficiency. A total of 148 primer pairs were designed fulfilling multiplex PCR specifications, which were also effective in simplex quality control PCR assays against a start-up number of 150.	en
heal.abstract	Η αξία των μονονουκλεοτιδικών πολυμορφισμών (SNP) ως δεικτών σε διάφορες μελέτες δεν εξαρτάται μόνο από τον απόλυτο αριθμό τους, αλλά και από το πολυπλοκότερο κριτήριο της διαθεσιμότητάς τους. Για κάθε δεδομένη μελέτη πρέπει να υπάρχουν αρκετοί SNP σε κατάλληλες θέσεις και ικανοποιώντες συγκεκριμένα γενικά κριτήρια καταλληλότητας. Η εφικτότητα της μελέτης εξαρτάται από την δυνατότητα αντικατάστασης των γενετικών δεικτών ώστε ο αριθμός τους να παραμένει σταθερός σε κάθε στάδιο της ακολουθούμενης πειραματικής διαδικασίας κατά την ανάπτυξη της συνολικής μεθοδολογίας. Επιχειρήσαμε μια πειραματική εξομοίωση, όπου καθορίστηκε αριθμός κριτηρίων για τον αριθμό και τις επιθυμητές ιδιότητες SNP που απαιτούνταν για μια υποθετική μελέτη και προχωρήσαμε στην επιλογή SNP και στη σχεδίαση εναρκτών δια λογισμικού για κάθε έναν εξ’ αυτών. Ο καθοριστικός παράγων ήταν η καταλληλότητα των εναρκτών για πολυπλεκτική PCR. Τα διορθωτικά βήματα της ακολουθούμενης διαδικασίας επιλογής και οι ενημερώσεις του λογισμικού επέφεραν αποτελεσματικότητα των σχεδιαζόμενων εναρκτών της τάξης του 98,6%, καθώς 148 ζεύγη εναρκτών σχεδιάστηκαν ικανοποιώντας τις απαιτήσεις για πολυπλεκτικές PCR και ελέγχθηκαν επιτυχώς σε μονοπλεκτικές αντιδράσεις ποιοτικού ελέγχου, έναντι αρχικής απαίτησης για 150.	el
heal.publisher	Νερατζής, Ηλίας	el
heal.publisher	Σιανούδης, Ιωάννης	el
heal.journalName	e-Journal of Science & Technology	en
heal.journalName	e-Περιοδικό Επιστήμης & Τεχνολογίας	el
heal.journalType	peer-reviewed
heal.fullTextAvailability	true