Μία κατηγορία αυτοάνοσων νοσημάτων χαρακτηρίζεται από την παρουσία στον ορό του ασθενούς αντισωμάτων έναντι αντιγόνων του πυρήνα (λ.χ. συστηματικός ερυθηματώδης λύκος, σύνδρομο Sjögren, σκληρόδερμα κ.α.). Μία μεγάλη ομάδα αντιπυρηνικών αντιγόνων έχει σήμερα ταυτοποιηθεί (ds-DNA, SSA, SSB, Sm, snRNP, Jo-1, Scl70, ACA, Ιστόνες) και μετράται συχνά σε ανοσολογικά εργαστήρια, είτε με μεθόδους όπου προσδιορίζεται η ολική ποσότητα των αντιπυρηνικών αντισωμάτων (screening), είτε με ποσοτικές ή ποιοτικές μεθόδους μέτρησης κάθε αντισώματος χωριστά. Συνήθως ως μέθοδος διαλογής (screening) χρησιμοποιείται ο έμμεσος ανοσοφθορισμός (IFA) σε κύτταρα Hep-2 οπότε ανάλογα με το είδος και την θέση των αντιγόνων που ανιχνεύονται παρουσιάζεται διαφορετική εικόνα: ως στικτός, ομοιογενής, περιφερικός, κεντρομεριδιακός, πυρηνισκικός και κυτταροπλασματικός φθορισμός. H δυσκολία στην εκτέλεση και η απαιτητική εκπαίδευση των αναλύσεων IFA οδηγούν πολλά εργαστήρια να εκτελούν παράλληλα και ανοσοενζυμικές μεθόδους (ELISA) για την ποιοτική ή ποσοτική εκτίμηση των αντιπυρηνικών αντισωμάτων. Μεταξύ των μεθόδων IFA και ELISA παρατηρούνται πολλές φορές σημαντικές αποκλίσεις. Οι αποκλίσεις αυτές αποδίδονται στη διαφορετική ευαισθησία των δύο μεθόδων, αλλά και σε διαφορετική αξιολόγηση των αποτελεσμάτων οφειλόμενη στον ανθρώπινο παράγοντα