Η εργασία αυτή επικεντρώνεται στην αξιολόγηση της λειτουργίας των πανεπιστημιακών νοσοκομείων της Ελλάδος για την περίοδο 2005 - 2009. Για το σκοπό αυτό λαμβάνεται υπόψη ένα σύνολο κριτηρίων όπως κριτήρια στελέχωσης, παραγωγικότητας, δαπανών κ.α.. Πραγματοποιείται μια διαχρονική ανάλυση για κάθε πανεπιστημιακή νοσοκομειακή μονάδα ξεχωριστά, συγκριτικά μεταξύ τους και ανά τομέα παθολογικό, χειρουργικό και ψυχιατρικό. Τέλος, πραγματοποιείται μια συγκριτική αξιολόγηση και κατάταξη των πανεπιστημιακών νοσοκομείων με την πολυκριτήρια μεθοδολογία PROMETHEE II. Η εν λόγω μεταπτυχιακή εργασία και τα αποτελέσματα που προκύπτουν, ενδέχεται να δώσουν στα αρμόδια στελέχη των πανεπιστημιακών νοσοκομείων και τις Υγειονομικές Περιφέρειες τους μια χρήσιμη εικόνα των πανεπιστημιακών νοσοκομείων με σκοπό να υποβοηθήσουν στην λήψη βέλτιστων αποφάσεων με στόχο πάντα την καλύτερη εξυπηρέτηση του πολίτη/ασθενή.This study is focused on the university hospitals of Greece during 2005 - 2009. The aim of this study is the evaluation of the operation and financial administrator of the university hospitals. This evaluation is achieved through diachronic analysis of indexes (productivity, costs, etc) for all Greece university hospitals and for pathological, surgical and psychiatric sectors. Finally, this study introduces a new financial decision aid approach, which is based on data analysis techniques in combination with a multicriteria analysis method (PROMETHEE II). The analysis results in an overall ranking of the examined university hospitals performance. This postgraduate study and its results may be useful to the managers of university hospitals and Health Region of Greece since they can give them a good description of their hospital’s condition and help them take better decisions in order to achieve the best citizens/ patients satisfaction.