Σκοπός της παρούσας πτυχιακής εργασίας ήταν ο μικροβιολογικός δειγματοληπτικός έλεγχος εμφιαλωμένων νερών από καταστήματα λιανικού εμπορίου. Για το λόγο αυτό συγκεντρώθηκαν 51 δείγματα εμφιαλωμένου νερού, συγκεκριμένα 28 από την κατηγορία του επιτραπέζιου νερού, 18 από την κατηγορία του φυσικού μεταλλικού νερού και 5 από την κατηγορία του ανθρακούχου νερού. Τα δείγματα προήλθαν από τυχαία καταστήματα σε διάφορες πόλεις της Ελλάδας. Τα δείγματα εξετάστηκαν με βάση τις μικροβιολογικές παραμέτρους που ορίζουν οι αντίστοιχες νομοθεσίες για κάθε κατηγορία νερού. Τα μεταλλικά και τα ανθρακούχα δείγματα εμφιαλωμένων νερών αναλύθηκαν για ολικά κολοβακτηριοειδή, E. coli, εντεροκόκκους, ολική μεσόφιλη και ολική ψυχρόφιλη χλωρίδα, P. aeruginosa και Cl. Perfringens. Ενώ τα δείγματα που ανήκαν στην κατηγορία του επιτραπέζιου νερού εξετάστηκαν για ολικά κολοβακτηριοειδή, E. coli, εντεροκόκκους, ολική μεσόφιλη και ολική ψυχρόφιλη χλωρίδα, P. aeruginosa. Για τις μικροβιολογικές αναλύσεις χρησιμοποιήθηκαν επίσημες κατά ISO μέθοδοι. Οι αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν στο ερευνητικό εργαστήριο του τμήματος Ιατρικών Εργαστηρίων στο ΤΕΙ Αθήνας, στο χρονικό διάστημα τεσσάρων μηνών, από τον Ιούνιο έως και το Σεπτέμβριο του 2012. Τα βασικά συμπεράσματα που προέκυψαν από την παρούσα πτυχιακή εργασία είναι πως στον ελληνικό χώρο η μικροβιολογική ποιότητα των μεταλλικών νερών μπορεί να αξιολογηθεί ως ικανοποιητική. Στα ανθρακούχα νερά η παρουσία του CO2 προστατεύει το νερό από την ανάπτυξη παθογόνων μικροοργανισμών και αποτελεί δικλείδα προστασίας. Ενώ η ποιότητα των επιτραπέζιων νερών αποδεικνύεται προβληματική σε υψηλά ποσοστά.The aim of this dissertation is the microbiological quality determination of bottled water from retail stores. For this purpose, 51 samples of bottled water were collected; more specifically, 28 from the category of table water, 18 from the category of natural mineral water and 5 from the category of sparkling water. The samples were randomly purchased from stores and kiosks in various cities throughout Greece. The samples were examined in microbiological parameters specified by the respective legislation for each category sample. Natural mineral and carbonated water samples were analyzed for total coliforms, E. coli, enteroccoci, total mesophilic and total psychrophilic flora, P. aeruginosa and Cl. Perfringens. The table water samples were analyzed for total coliforms, E. coli, enterococci, total mesophilic and total psychrophilic flora, P. aeruginosa. For the microbiological determination official ISO methods were used. Analysis was conducted at the research laboratory of the Department of Medical Laboratory at TEI of Athens, from June to September 2012. The main conclusions of this dissertation are that in Greece, the microbiological quality of natural mineral water can be assessed as satisfactory. As for the sparkling water, the presence of CO2 protects the water from the growth of pathogenic microorganisms. On the other hand, the microbiological quality of table water proved to be rather problematic at high rates.